Ses origines datent du 13ème siècle mais elle est apparue au 15ème avec l’émergence d’une légende : lors du repas en secondes noces de René d'Anjou (dit "le Bon Roi René") avec Jeanne de Laval, réputée pour ne jamais sourire, le chef pâtissier de la cour créa spécialement cette confiserie pour la nouvelle reine qui, après dégustation, devînt joyeuse. Un courtisan interpella alors son voisin en lui demandant ce qui avait bien pu procurer tant de plaisir à la reine, ce à quoi il répondit : "Di Calin Soun" qui signifie "Ce sont des câlins".
Depuis, chaque 1er dimanche de septembre a lieu la bénédiction des calissons à l’Église Saint-Jean de Malte (joyaux de l’art gothique provençal surnommé "La Sainte Chapelle du midi") afin de commémorer cette jolie légende. Parallèlement le calisson est devenu l’emblème gastronomique aixois : il fait partie des 13 desserts provençaux de Noël et se décline de nos jours dans plusieurs saveurs différentes.