Le littoral français a été façonné sur plusieurs siècles par l’installation de nombreux phares le long de ses côtes, ces majestueuses sentinelles des mers destinées à guider les navires et à protéger les terres d’une invasion extérieure. C’est dans ce contexte défensif qu’une 1er construction voit le jour en 1669 à Saint-Clément-des-Baleines. A la demande de Colbert, et dans le cadre du déploiement du système défensif de l'arsenal de Rochefort, une tour de guet en pierres de taille est conçue par Vauban. En 1854, le trafic maritime augmentant, une 2ème construction est commanditée par le service des Phares et Balises : c’est l’actuel monument dont le nom s’inspire des baleines, relativement nombreuses, s’échouant à cet endroit de l'île de Ré à l’époque.
Toujours en activité, le phare des Baleines et son bâtiment des machines (lui aussi daté du 19ème siècle) sont classés depuis 2012 aux titre des monuments historiques et son prédécesseur du 17ème (également classé dès 1904) est aujourd’hui un espace d’animation muséographique sur les phares et leur histoire.